关于工伤期间工资在赔偿金下来后是否会被公司扣掉的问题，核心要看工伤认定及停工留薪期的情况。以下为您详细分析不同情形下的处理规则：工伤期间工资在赔偿金下来后一般不会被公司扣掉。1.若已被社会保险行政部门认定为工伤，且处于停工留薪期内：根据《工伤保险条例》第三十三条，原工资福利待遇由公司按月支付，即便后续赔偿金（如一次性伤残补助金等）到账，公司也无权扣除已支付的停工留薪期工资，两者属不同工伤保险待遇范畴。2.若未完成工伤认定或停工留薪期已届满：若公司此前垫付了部分费用（如非工伤医疗费用），且双方有明确约定，可能在合法范围内抵扣，但需以不损害工伤职工核心权益为前提。3.若用人单位未依法参加工伤保险：公司需自行支付全部工伤待遇（含停工留薪期工资和赔偿金），无权以“赔偿金已到账”为由扣除工资。
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在处理工伤期间工资与赔偿金的关系时，存在以下特殊情况会影响处理结果：1.用人单位垫付了非工伤医疗费用：若职工在工伤治疗期间同时治疗非工伤疾病，公司垫付了该部分费用，且双方有书面约定，公司可能在赔偿金到账后扣除垫付的非工伤医疗费用，但需明确区分工伤与非工伤费用，不得扣除停工留薪期工资。2.停工留薪期内职工违规兼职：若职工在停工留薪期内未经公司同意从事兼职工作，公司可能依据劳动合同约定主张工资抵扣，但需证明兼职行为影响工伤恢复或违反公司规章制度，且扣除金额不得超过法定标准。3.工伤保险基金支付的赔偿金存在误差：若工伤保险基金支付的赔偿金低于法定标准，公司需补足差额，此时不得用停工留薪期工资抵扣差额，否则属违法行为。
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工伤期间工资在赔偿金下来后若处理不当，可能面临以下法律风险：1.工资被非法扣除的经济损失风险：例如，职工已被认定为工伤且处于停工留薪期，公司在一次性伤残补助金到账后，以“赔偿金已覆盖工资”为由扣除3个月的停工留薪期工资，导致职工直接损失数千元收入。2.维权证据不足的风险：例如，职工未保留工伤前的工资单，公司以“基本工资”而非“原工资福利待遇”支付停工留薪期工资，后续维权时因缺乏证据无法证明应得工资标准，难以追回差额。
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在处理工伤期间工资与赔偿金的关系时，部分职工可能因操作不当导致权益受损，以下是常见的错误行为：1.未及时申请工伤认定：若超过事故伤害发生之日起1年的申请时效，将无法获得《工伤认定书》，公司可能以此为由否认工伤，进而扣除工资。2.轻易签署“工资抵扣协议”：部分公司会以“先垫付赔偿金”为由让职工签署工资抵扣协议，若协议内容违反《工伤保险条例》，职工签署后可能失去维权依据。3.忽视停工留薪期延长申请：若伤情严重需延长停工留薪期（超过12个月），未向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请确认，公司可能提前停发工资，后续也难以追回。若您已出现上述错误操作，或担心权益受损，欢迎进一步向我们咨询，我们将帮助您制定补救方案。

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